Peran APG9 dalam Makroautofagi
Strain apg9D menunjukkan fenotipe autofagi yang terganggu selama kelaparan, dan Apg9p yang ditularkan melalui plasmid menyelamatkan fenotipe ini. Pelabelan pulsa/pengejaran dan mikroskopi imunoelektron menunjukkan bahwa Apg9p terlokalisasi pada membran bagian dalam vesikel Cvt dan badan autofagi.
Analisis gradien densitas sukrosa juga menunjukkan bahwa Apg9p bermigrasi bersama penanda membran vakuolar Pho8p dalam fraksi tiga hingga lima gradien (Gbr. 4 A).
Fungsi
Protein ini terlibat dalam makroautofagi, jalur katabolik yang dilestarikan yang mendaur ulang komponen sitoplasma menjadi lisosom. Proses ini diperlukan untuk respons seluler terhadap kelaparan nutrisi, pemeliharaan dan diferensiasi sel punca, tumorigenesis, dan kematian sel terprogram. Makroautofagi terjadi ketika struktur bermembran ganda yang disebut autofagosom menelan konstituen sitoplasma dan menyatu dengan lisosom untuk membentuk autolisosom untuk degradasi. APG9 adalah protein membran multi-pass yang mengandung beberapa domain. Protein ini mendorong transportasi lipid ke autofagosom yang terbentuk dan memiliki aktivitas fosfolipase. Protein ini memiliki pori sentral yang terbuka secara lateral untuk mengakomodasi gugus kepala lipid dan memungkinkan pembalikan lipid dan redistribusi fosfolipid yang ditambahkan ke lapisan luar autofagosom. Protein ini telah terbukti mengatur kaskade protein kinase yang diaktifkan mitogen JNK, jalur pensinyalan utama yang terlibat dalam respons stres. Protein ini juga berfungsi sebagai protein tirosin fosfatase. Protein ini membentuk homotrimer dengan pori sentral yang terbuka secara lateral dan terhubung ke sitosol melalui rongga di dalam setiap protomer. Struktur
Kami menyaring pustaka plasmid pRS314 APG5-GFP dan pRS416 APG9-GFP dalam sel YYK126 untuk mutasi sensitif suhu yang mengurangi aktivitas autofagi. Dua galur diidentifikasi yang menunjukkan aktivitas ALP yang berkurang saat ditransformasi dengan pYAPG507 APG5-EYFP. Gen APG5 digantikan dengan urutan pengkodean YFP dengan menggunakan mutagenesis yang diarahkan situs QuikChange. Sebuah fragmen protein YFP yang disempurnakan (EYFP) diperkuat dari pEYFP, dicerna dengan BamHI dan dimasukkan ke dalam APG5 ORF tepat di hulu kodon stop.
Protein YFP-Aut7p digabungkan dengan tag peptida N-terminal yang didegradasi oleh fosfatase retikulum endoplasma (Etp). GFP-Aut7p atau Apg5p-GFP terlokalisasi bersama dengan CFP-Aut7p pada struktur berbintik di daerah perivakuolar, sebagaimana ditentukan oleh mikroskop elektron. Pada sel Dypt7, pola pewarnaan difus sitoplasma diamati. Kompleks PI3-kinase spesifik autofagi mengendalikan pembentukan struktur berbintik ini tetapi tidak mengangkutnya ke vakuola pada sel yang diobati dengan rapamycin. Hal ini menunjukkan bahwa kompleks tersebut dapat memilih kargo selama pembentukan vesikel untuk mengirimkannya ke struktur pra-autophagosomal. Detail lebih lanjut https://7milevacations.com/
Bioinformatika
Penelitian biologi yang berjalan cepat dan kekuatan teknologi ilmu komputer yang terus meningkat membuat disiplin ilmu biologi dan ilmu informasi semakin saling terkait. Bioinformatika, bidang interdisipliner yang menggabungkan pengetahuan domain dan ilmu data, membantu para ilmuwan menafsirkan sejumlah besar data yang dihasilkan oleh penelitian molekuler dan genomik. Misalnya, seorang ahli bioinformatika yang menganalisis genom patogen bawaan makanan seperti E. coli dan Salmonella dapat mengidentifikasi strain yang resistan terhadap antibiotik. Informasi ini digunakan untuk mencegah kontaminasi makanan dan mengurangi wabah penyakit.
Untuk mengevaluasi bagaimana standar sains negara bagian menangani bidang bioinformatika interdisipliner yang sedang berkembang, para peneliti memeriksa konten dalam kerangka sains sekolah menengah di 50 negara bagian. Untuk mengidentifikasi standar mana yang secara eksplisit mengartikulasikan bioinformatika, mereka membandingkan bahasa kerangka tersebut dengan serangkaian metadefinisi dari disiplin ilmu tersebut. Definisi ini menggambarkan aplikasi murni dan terapan serta implikasi sosiosains dari bioinformatika. Kategori yang muncul kemudian dievaluasi berdasarkan persentase negara bagian yang memasukkannya.